Komut Satırına Giriş Introduction to the Command Line

Kabuk (Shell), bilgisayarınızı grafiksel bir arayüz (GUI) yerine yalnızca klavye ile kontrol etmenizi sağlayan bir komut satırı arabirimidir. İlk başta zor görünebilir; ancak kabuğa hakim olmanın biyoinformatik çalışmalar için birçok önemli nedeni vardır:

• Çoğu biyoinformatik programı yalnızca komut satırından çalıştırılabilir.
• Kabuk, işinizi daha verimli ve tekrarlanabilir biçimde yapmanızı sağlar.
• Bulut/HPC (Yüksek Performanslı Hesaplama) sunucularına yalnızca komut satırı üzerinden erişilir.

---

Temel Komutlar

man — Yardım Kılavuzu

Herhangi bir komut veya program hakkında ayrıntılı yardım almanızı sağlar.

$ man ls

ls — Dizin İçeriğini Listeleme

Bulunduğunuz dizindeki dosya ve klasörleri listeler.

$ ls          # Kısa liste
$ ls -l       # Ayrıntılı liste (izinler, boyut, tarih)
$ ls -lh      # Ayrıntılı liste, okunabilir boyutlarla
$ ls -a       # Gizli dosyaları da göster

pwd — Bulunduğunuz Dizini Gösterme

Mevcut çalışma dizininin tam yolunu ekrana yazdırır.

$ pwd
/home/kullanici/Desktop/proje

cd — Dizin Değiştirme

Farklı bir dizine geçmek için kullanılır.

$ cd klasor1          # klasor1'e gir
$ cd ..               # Bir üst dizine çık
$ cd ~                # Ana (home) dizine git
$ cd /home/user/data  # Tam yol ile git

mkdir — Klasör Oluşturma

$ mkdir yeni_klasor
$ mkdir -p proje/veri/ham   # İç içe klasör oluştur

touch — Dosya Oluşturma

$ touch dosya.txt
$ touch seq1.fasta seq2.fasta

cp — Kopyalama

$ cp dosya.txt yedek.txt
$ cp -r klasor/ yedek_klasor/   # Klasör kopyala

mv — Taşıma / Yeniden Adlandırma

$ mv dosya.txt yeni_isim.txt     # Yeniden adlandır
$ mv dosya.txt ../diger_klasor/ # Taşı

rm — Silme

$ rm dosya.txt
$ rm -r klasor/   # Klasör ve içeriğini sil (DİKKATLİ OLUN)

cat — Dosya İçeriğini Göster

$ cat sekans.fasta

head / tail — Dosyanın Başı/Sonu

$ head -10 reads.fastq   # İlk 10 satır
$ tail -5 results.txt    # Son 5 satır

less — Sayfalı Görüntüleme

$ less buyuk_dosya.txt
# Gezinti: ok tuşları, q ile çıkış

grep — Metin Arama

$ grep "ATCG" sekans.fasta
$ grep -c ">" multi.fasta   # FASTA'daki dizi sayısını say

wc — Kelime/Satır Sayma

$ wc -l dosya.txt    # Satır sayısı
$ wc -w dosya.txt    # Kelime sayısı

chmod — Dosya İzinlerini Değiştirme

$ chmod +x script.sh        # Çalıştırılabilir yap
$ chmod 755 script.sh       # rwxr-xr-x izinleri

sudo — Yönetici Olarak Çalıştırma

$ sudo apt update           # Paket listesini güncelle
$ sudo apt install fastqc   # Program yükle

df — Disk Kullanımı

$ df -h   # Disk kullanımını okunabilir biçimde göster

top / htop — Sistem Kaynakları

$ top     # Çalışan işlemleri göster
$ htop    # Daha kullanışlı arayüz (kurulu ise)

history — Komut Geçmişi

$ history
$ history | grep fastqc   # Geçmişte fastqc ile ilgili komutlar

wget / curl — İnternet'ten İndirme

$ wget https://example.com/dosya.tar.gz
$ curl -O https://example.com/dosya.fasta

tar / gzip — Sıkıştırma ve Açma

$ tar -xzf arsiv.tar.gz       # .tar.gz aç
$ tar -czf arsiv.tar.gz klasor/  # .tar.gz oluştur
$ gunzip dosya.fastq.gz       # .gz aç
$ gzip dosya.fastq            # .gz oluştur

---

Bash Scriptleri

Bash scriptleri, birden fazla komutu bir dosyada toplayarak otomatik olarak çalıştırmanızı sağlar. Biyoinformatik analizleri için tekrarlanabilir iş akışları oluşturmak açısından çok değerlidir.

Basit Script Örneği

#!/bin/bash
# Bu script FASTQ dosyalarını FastQC ile analiz eder
for file in *.fastq
do
    echo "Analiz ediliyor: $file"
    fastqc $file
done
echo "Tüm analizler tamamlandı."

Koşullu İfadeler (if/else)

for i in *
do
    if [ -f $i ]; then
        echo "$i bir dosyadır"
    elif [ -d $i ]; then
        echo "$i bir klasördür"
    fi
done

Döngüler ile Toplu İşlem

# Tüm .zip dosyalarını aç
for filename in *.zip
do
    unzip $filename
done

# İki örnek grubunu karşılaştır
for sample in sample1 sample2 sample3
do
    bwa mem ref.fasta ${sample}_R1.fastq ${sample}_R2.fastq > ${sample}.sam
done

---

Conda ile Program Yönetimi

Biyoinformatik araçlarının çoğu Conda paket yöneticisi üzerinden kurulur.

# Conda ortamı oluştur
conda create -n biyoinf python=3.9

# Ortamı aktive et
conda activate biyoinf

# Program yükle
conda install -c bioconda fastqc trimmomatic bwa samtools

# Ortamı dışa aktar
conda env export > ortam.yaml

# Ortamı içe aktar
conda env create -f ortam.yaml

$ man ls

$ ls          # Short list
$ ls -l       # Detailed list (permissions, size, date)
$ ls -lh      # Detailed list with human-readable sizes
$ ls -a       # Show hidden files too

$ pwd
/home/user/Desktop/project

$ cd folder1          # Enter folder1
$ cd ..               # Go up one directory
$ cd ~                # Go to home directory
$ cd /home/user/data  # Go to absolute path

$ mkdir new_folder
$ mkdir -p project/data/raw   # Create nested directories

$ touch file.txt
$ touch seq1.fasta seq2.fasta

$ cp file.txt backup.txt
$ cp -r folder/ backup_folder/   # Copy directory

$ mv file.txt new_name.txt          # Rename
$ mv file.txt ../other_folder/     # Move

$ rm file.txt
$ rm -r folder/   # Remove directory and contents (BE CAREFUL)

$ cat sequence.fasta

$ head -10 reads.fastq   # First 10 lines
$ tail -5 results.txt    # Last 5 lines

$ less large_file.txt
# Navigate: arrow keys, q to quit

$ grep "ATCG" sequence.fasta
$ grep -c ">" multi.fasta   # Count sequences in FASTA

$ wc -l file.txt    # Line count
$ wc -w file.txt    # Word count

$ chmod +x script.sh        # Make executable
$ chmod 755 script.sh       # Set rwxr-xr-x permissions

$ sudo apt update           # Update package list
$ sudo apt install fastqc   # Install program

$ df -h   # Show disk usage in human-readable format

$ top     # Show running processes
$ htop    # More user-friendly interface (if installed)

$ history
$ history | grep fastqc   # Search history for fastqc commands

$ wget https://example.com/file.tar.gz
$ curl -O https://example.com/file.fasta

$ tar -xzf archive.tar.gz        # Extract .tar.gz
$ tar -czf archive.tar.gz folder/  # Create .tar.gz
$ gunzip file.fastq.gz           # Extract .gz
$ gzip file.fastq                # Create .gz

#!/bin/bash
# This script analyzes FASTQ files with FastQC
for file in *.fastq
do
    echo "Analyzing: $file"
    fastqc $file
done
echo "All analyses complete."

for i in *
do
    if [ -f $i ]; then
        echo "$i is a file"
    elif [ -d $i ]; then
        echo "$i is a directory"
    fi
done

# Extract all .zip files
for filename in *.zip
do
    unzip $filename
done

# Process multiple samples
for sample in sample1 sample2 sample3
do
    bwa mem ref.fasta ${sample}_R1.fastq ${sample}_R2.fastq > ${sample}.sam
done

# Create conda environment
conda create -n bioinf python=3.9

# Activate environment
conda activate bioinf

# Install tools
conda install -c bioconda fastqc trimmomatic bwa samtools

# Export environment
conda env export > environment.yaml

# Import environment
conda env create -f environment.yaml