Hakkında About

Dr. Gültekin Ünal

Dr. Gültekin Ünal

DVM · PhD · MSc · Mikrobiolog & BiyoinformatikçiMicrobiologist & Bioinformatician
Ankara Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Mikrobiyoloji ABD, Ankara / Türkiye
Ankara University, Faculty of Veterinary Medicine, Department of Microbiology, Ankara / Turkey
ORCID 0000-0002-8996-7028 Google Scholar ResearchGate GitHub LinkedIn
26
AtıfCitations
2
h-index
7
YayınPublications
6
ProjeProjects

Biyografi

2016 yılında Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi'nden mezun oldum. Veterinerlik eğitimi sürecinde tıbbi tanı laboratuvarlarında ve üniversitemin patoloji laboratuvarında yarı zamanlı olarak çalıştım. Bu süreçte laboratuvar süreçleri hakkında kapsamlı bilgi ve deneyim edindim. Lisans hayatımın sonlanmasına kadar edindiğim bilgi ve deneyimi artırmaya yönelik çalışmalar yürüttüm; ayrıca üniversiteden mezun olmadan önce boş zamanlarımda Mikrobiyoloji laboratuvarında çalışarak moleküler mikrobiyoloji hakkında temel bilgi edindim.

Mezuniyetin ardından Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'nda yüksek lisans eğitimime başladım. Bu süreçte bir TÜBİTAK 1003 projesi, danışmanımla birlikte yazdığım bir BAP projesi ve çeşitli bilimsel projelerde yer aldım.

Yüksek lisanstan mezun olmadan önce Bioeksen Ar&Ge Teknolojileri şirketinde uygulama uzmanı olarak göreve başladım. 4,5 yıl süren bu görev boyunca yurt içi ve yurt dışında çok sayıda uygulama ve araştırma projesinde yer aldım. Genel olarak enfeksiyöz etkenlerin tespitine yönelik bu çalışmalar, yerel imkânlar çerçevesinde moleküler biyoteknolojik yöntemlerin kullanılmasını amaçlıyordu.

Bu çalışmalar; Türkiye'deki yetkili COVID laboratuvarları (200+), T.C. Sağlık Bakanlığı Halk Sağlığı Genel Müdürlüğü, Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi, Etlik Veteriner Kontrol Enstitüsü, Avitek Ar-Ge Teknolojileri, çeşitli özel tıbbi laboratuvarlar ve Türk Silahlı Kuvvetleri gıda taburları bünyesindeki laboratuvarlarda yürütüldü. Pandemi döneminin başında ilk PCR kit geliştirme projesine liderlik ettim; ardından ilk yerli kitin geliştirilmesi ve FDA/WHO onayları için koordinasyon çalışmalarına katıldım. Oxford Nanopore sistemlerinin rutin yeni nesil dizileme çalışmalarına dahil edilmesi için geliştirilen dizileme kitinin geliştirilmesinde de yer aldım.

2019 yılında mikrobiyoloji yüksek lisansımı tamamlayarak "Mikrobiyoloji Uzmanı" unvanını kazandım. Ardından yeniden mikrobiyoloji alanında doktora çalışmalarıma başladım. Bu süreçte; Moleküler Epidemiyoloji, enfeksiyöz etkenlerin tanısı (bakteri, virüs ve mantar), biyoinformatik ve tanısal yöntem geliştirme alanlarında kapsamlı çalışmalar yürüttüm.

Araştırma İlgi Alanları

Faj Genomisi Mikrobiyoloji Biyoinformatik Moleküler Epidemiyoloji Antimikrobiyal Direnç (AMR) SARS-CoV-2 Genomik Gözetimi Filogenetik Halk Sağlığı Nanopore Dizileme Veteriner Mikrobiyolojisi Gıda Güvenliği

Biography

I graduated from the Ankara University Faculty of Veterinary Medicine in June 2016. While studying veterinary medicine, I also worked part-time in medical diagnostic laboratories and in the pathology laboratory of my university, gaining comprehensive knowledge and experience in laboratory processes. Before graduating, I spent time in the Microbiology laboratory, acquiring foundational knowledge in molecular microbiology.

After graduation, I started my master's degree at Ankara University, Faculty of Veterinary Medicine, Department of Microbiology. During this period I was involved in a TÜBİTAK 1003 project, a BAP project (written with my advisor), and various scientific projects.

Before completing my master's program, I joined Bioeksen R&D Technologies as an application specialist. Over 4.5 years, I participated in numerous application and research projects both domestically and internationally, developing molecular biotechnological methods for detecting infectious agents.

These projects were carried out in authorized COVID laboratories across Turkey (200+), the Republic of Turkey Ministry of Health General Directorate of Public Health, Ankara University Faculty of Veterinary Medicine, Etlik Veterinary Control Institute, Avitek R&D Technologies, various private medical laboratories, and Turkish Armed Forces food laboratories. I led the first PCR kit development project at the beginning of the pandemic, coordinated the development and FDA/WHO approval of the first domestic kit, and contributed to a sequencing kit integrating Oxford Nanopore systems into routine NGS workflows.

In 2019, I completed my master's in microbiology and earned the title of "Microbiology Specialist." I subsequently commenced doctoral studies in microbiology, conducting extensive research in Molecular Epidemiology, diagnostics for infectious agents (bacteria, viruses, fungi), bioinformatics, and the development of diagnostic methods.

Research Interests

Phage Genomics Microbiology Bioinformatics Molecular Epidemiology Antimicrobial Resistance (AMR) SARS-CoV-2 Genomic Surveillance Phylogenetics Public Health Nanopore Sequencing Veterinary Microbiology Food Safety

YayınlarPublications

Tüm yayınlar için: Google Scholar · ORCID · ResearchGate

Full list: Google Scholar · ORCID · ResearchGate

2026 Novel Enterococcus phages identified through comprehensive screening to control contamination in chicken meat
Onaran Acar B, Erdinç AN, Yıldız T, Cengiz G, Çufaoğlu G, Ünal G, Göncüoğlu M, Erol İ, Ayaz ND.
Journal of the Science of Food and Agriculture  ·  DOI: 10.1002/jsfa.70607
2025 Enhancing public health surveillance: a comparative study of platform-specific and hybrid assembly approaches in SARS-CoV-2 genome sequencing
Coşgun Y, Yalçın S, Dedeoğlu E, Ünal G, Kopp K, Musul B, Sağtaş E, Raftery P, Korukluoğlu G, Kaygusuz S.
Microbial Genomics, 11(7)  ·  DOI: 10.1099/mgen.0.001357
2024 Genomic surveillance during the first two years of the COVID-19 pandemic – country experience and lessons learned from Türkiye
Yalçın S, Coşgun Y, Dedeoğlu E, Kopp K, Bayrakdar F, Ünal G, Musul B, Sağtaş E, Korukluoğlu G, Raftery P, Kaygusuz S.
Frontiers in Public Health, 12:1332109  ·  DOI: 10.3389/fpubh.2024.1332109  ·  2 atıfcitations
2024 Molecular Epidemiology of Fowl Aviadenoviruses in Broiler Chickens from Vaccinated and Nonvaccinated Breeders
Bıçakcıoğlu T, Müştak HK, Sarıçam İnce S, Yörük Ş, Ünal G.
Avian Diseases, 68(3):209-216  ·  DOI: 10.1637/aviandiseases-D-24-00017  ·  PMID: 39400215  ·  1 atıfcitation
2022 Detection of Microsporum canis and Trichophyton mentagrophytes by loop-mediated isothermal amplification (LAMP) and real-time quantitative PCR (qPCR) methods
Müştak HK, Ünal G, Başak Müştak İ.
Veterinary Dermatology, 33(6):516-522  ·  DOI: 10.1111/vde.13111  ·  PMID: 36000592  ·  6 atıfcitations
2022 The Association of Intrauterine Antimicrobial Resistant Trueperella pyogenes with Cytological Endometrial Inflammation Status in Repeat Breeder Cows
Yazlık MO, Başak Müştak İ, Ünal G, Kaya U.
Pakistan Journal of Zoology, 54(1):115-121  ·  2 atıfcitations
2020 Base study for the establishment of national Salmonella control program in hatching farms and table eggs in Turkey
Diker KS, Göncüoğlu M, Şahin G, Akan M, Gürcan İS, Müştak HK, Ayaz ND, Sarıçam S, Salar MÖ, Açıkalın HD, Ünal G, Çöven F, Dakman A, Gülaçtı İ, Uzunboy EN.
Turkish Journal of Veterinary & Animal Sciences, 44(2):343-349  ·  DOI: 10.3906/vet-1908-2  ·  12 atıfcitations
2026 7 adet Escherichia coli faj genomunun genomik karakterizasyonu Genomic characterization of 7 Escherichia coli bacteriophage genomes
Ünal G et al.
NCBI GenBank'a gönderildi (BankIt #3075810) · Accession numaraları bekleniyor Submitted to NCBI GenBank (BankIt #3075810) · Accession numbers pending

Yazılım ProjeleriSoftware Projects

Tüm projeler: github.com/cinnetcrash

All projects: github.com/cinnetcrash

gelidonyAMR

Salmonella Infantis genomlarının assembly, AMR profilleme, MLST ve cgMLST tiplemesi için Nextflow pipeline. Nextflow pipeline for Salmonella Infantis genome assembly, AMR profiling, MLST and cgMLST typing.

Nextflow AMR Salmonella

Lymra-Ont

Oxford Nanopore ile maymun çiçeği (mpox) dizileme verilerinin analizi için yazılım. Software for analyzing Oxford Nanopore monkeypox (mpox) sequencing data.

Python Nanopore Mpox

ont-monkeypox

Oxford Nanopore verileriyle maymun çiçeği genom assembly ve polishing iş akışı (Snakemake). Monkeypox genome assembly and polishing workflow using Oxford Nanopore sequencing (Snakemake).

Snakemake Nanopore Genomics

Python for WWS

Atık su gözetimi (Wastewater Surveillance) için Python öğretimi amacıyla hazırlanmış Jupyter Notebook eğitim materyalleri. Jupyter Notebook educational materials for Python instruction in wastewater surveillance (WWS).

Python Jupyter Education

Biyoinformatik_TR

Türkçe biyoinformatik eğitim materyalleri ve kaynakları. Turkish-language bioinformatics training materials and resources.

Shell Education TR

python_scripts

Biyoinformatik analizler için geliştirilmiş kurum-içi Python yardımcı betikleri. Collection of in-house Python utility scripts for bioinformatic analyses.

Python Utility

Desteklenen Araştırma ProjeleriFunded Research Projects

Proje No Proje Adı Program Görev Süre Durum
125Z992 Faj ve CRISPR Entegre Mikroakışkan Platform ile Empedans Ölçümüne Dayalı Antibiyotik Direnç Tespiti TÜBİTAK ARDEB 1001 Danışman May 2026 – Kas 2028 Yürürlükte
125O410 Kedi Meme Tümörlerinde Tümör Mikroçevresinin Tümör Mikrobiyomuyla İlişkisi ve Potansiyel İmmunogenetik Biyobelirteçlerin Araştırılması TÜBİTAK ARDEB 1001 Danışman Şub 2026 – Ağu 2028 Yürürlükte
113R036 Kanatlı Hayvanlardan ve Gıdalardan Salmonella İzlenmesi ve Kontrol Programlarının Geliştirilmesi TÜBİTAK ARDEB 1003 (Öncelikli Alanlar — 2. Aşama) Burslu Araştırmacı (Yüksek Lisans) May 2014 – May 2017 Sonuçlandı
4302 Subklinik Mastitisli İneklerde Tanı ve Tedavi Sonrası Süreçte Sütte Mikrobiyom, Mirnome ve Çoklu Omik Profillerin Araştırılması
YK: Doç.Dr. Murat Onur Yazlık		 Araştırma Üniversiteleri Destek Programı — Tıp / Sağlık Araştırmacı — Yürürlükte
— Gıda Değeri Olan Hayvanlarda ve Etlerde Acinetobacter baumannii'nin Halk Sağlığı Açısından Öneminin Araştırılması ve Kontrolüne Yönelik Real-Time PCR Kiti ile Bakteriyofaj Preparatı Geliştirilmesi ADEP Araştırmacı 2023 Sonuçlandı
— Kedi ve Köpeklerde Sık Görülen Dermatofitlerin Teşhisine Yönelik qPCR ve LAMP Tabanlı Hızlı Tanı Kitlerinin Geliştirilmesi BAP Araştırmacı 2020 Sonuçlandı
— COVID-19 Kapsamında Ulusal Kapasitelerin Güçlendirilmesi Projesi IPA II (AB Katılım Öncesi Fonu) Ulusal Danışman — Sonuçlandı
— Tatlı ve Tuzlu Sularda Yetiştiriciliği Yapılan Balıklarda Görülen Vibrio Türlerinin Halk Sağlığı Açısından Önemlerinin Ortaya Konması ve Teşhislerine Yönelik Çoklu qPCR Yöntemi Geliştirilmesi
YK: Doç.Dr. H. Kaan Müştak — Veteriner Fakültesi, Mikrobiyoloji ABD · 36 ay		 BAP Araştırmacı (Uzm. Vet. Hek.) — Sonuçlandı
3840 Gıda Güvenliği Açısından Risk Oluşturan ESKAPE-E Grubu Bakterilerin Yaban Hayvanlarında Varlığının Belirlenmesi, Antimikrobiyal Direncin Genomik Sürveyansı ve Direnç İzlemesinde Kolaylaştırıcı Biyoinformatik Yöntemlerin Geliştirilmesi
YK: Dr.Öğr.Üyesi İnci Başak Müştak		 Araştırma Üniversiteleri Destek Programı — Tıp / Sağlık Araştırmacı — Yürürlükte
4073 Zorlamalı Tüy Dökümünde Yemlere Çeşitli Katkı Maddeleri İlavesinin Yumurta Tavuklarında İkinci Dönem Yumurta Verim ve Kalitesi, Antioksidan Özellikler, Bağışıklık Gücü, Bağırsak Sağlığı, Gen Ekspresyonu ile Kemik Sağlığı Üzerine Etkisi
YK: Prof.Dr. Esin Ebru Onbaşılar		 Güdümlü Proje — Tıp / Sağlık Araştırmacı — Yürürlükte
4654 Farklı Hayvansal Gıda Üretim Modellerinden İzole Edilen Escherichia coli'lerde Halk Sağlığı Açısından Önemli Hibrit Patotiplerin ve Virülens Potansiyellerin Belirlenmesi ve Kontrole Yönelik Real-Time PCR Kiti Geliştirilmesi
YK: Arş.Gör. Görkem Cengiz		 Araştırma Üniversiteleri Destek Programı — Tıp / Sağlık Araştırmacı — Başvuruda
Project No Project Title Programme Role Duration Status
125Z992 Detection of Antibiotic Resistance via Impedance Measurement Using a Phage and CRISPR-Integrated Microfluidic Platform TUBITAK ARDEB 1001 Consultant May 2026 – Nov 2028 Active
125O410 Investigation of the Relationship Between Tumour Microenvironment and Tumour Microbiome and Potential Immunogenetic Biomarkers in Feline Mammary Tumours TUBITAK ARDEB 1001 Consultant Feb 2026 – Aug 2028 Active
113R036 Surveillance of Salmonella from Poultry Animals and Foods and Development of Control Programs TUBITAK ARDEB 1003 (Priority Areas — Phase 2) Research Fellow (MSc) May 2014 – May 2017 Completed
4302 Investigation of Milk Microbiome, Mirnome, and Multi-Omics Profiles During Diagnosis and Post-Treatment in Cows with Subclinical Mastitis
PI: Assoc. Prof. Murat Onur Yazlık		 Research Universities Support Programme — Medicine / Health Researcher — Active
— Investigation of the Public Health Significance of Acinetobacter baumannii in Food-Producing Animals and Meat, and Development of a Real-Time PCR Kit and Bacteriophage Preparation for Control ADEP Researcher 2023 Completed
— Development of qPCR and LAMP-Based Rapid Diagnostic Kits for Common Dermatophytes in Cats and Dogs BAP Researcher 2020 Completed
— Strengthening National Capacities in the Scope of COVID-19 IPA II (EU Pre-Accession Funding) National Consultant — Completed
— Determination of the Public Health Significance of Vibrio Species in Fresh and Saltwater Aquaculture Fish and Development of a Multiplex qPCR Method for Detection
PI: Assoc. Prof. H. Kaan Müştak — Faculty of Veterinary Medicine, Dept. of Microbiology · 36 months		 BAP Researcher — Completed
3840 Determination of the Presence of ESKAPE-E Group Bacteria Posing Risk to Food Safety in Wild Animals, Genomic Surveillance of Antimicrobial Resistance, and Development of Facilitating Bioinformatics Methods for Resistance Monitoring
PI: Asst. Prof. İnci Başak Müştak		 Research Universities Support Programme — Medicine / Health Researcher — Active
4073 Effect of Various Feed Additive Supplementation During Forced Moulting on Second-Period Egg Yield and Quality, Antioxidant Properties, Immune Strength, Intestinal Health, Gene Expression, and Bone Health in Laying Hens
PI: Prof. Dr. Esin Ebru Onbaşılar		 Directed Project — Medicine / Health Researcher — Active
4654 Determination of Hybrid Pathotypes and Virulence Potentials of Public Health Significance in Escherichia coli Isolated from Different Animal Food Production Models, and Development of a Real-Time PCR Kit for Control
PI: Res. Asst. Görkem Cengiz		 Research Universities Support Programme — Medicine / Health Researcher — Under Review

İş DeneyimiWork Experience

  • Mar 2026 – Devam · Belçika / Uzaktan

    Üye (Member)

    COST Association — European Cooperation in Science and Technology
    Tam zamanlı · Uzaktan

    Mic2Food COST Action kapsamında Avrupa çapında gıda güvenliği ve genomik epidemiyoloji araştırmalarına katkı.

  • Nis 2026 · 1 ay · Kopenhag, Danimarka

    Visiting Researcher

    DTU — Technical University of Denmark, National Food Institute
    ESCMID Observership Programı

    Gıda kaynaklı patojenler (Salmonella, E. coli STEC) için genomik sürveyans; AMR karşılaştırmalı genomik; HPC ortamında bakteri/plazmid/faj genomik küme analizleri.

  • Tem 2025 – Devam · 10 ay · Ankara

    Ulusal Uzman — Laboratuvarlar (National Professional Officer - Laboratories)

    Dünya Sağlık Örgütü (WHO) Türkiye
    Tam zamanlı · Yerinde
  • Oca 2025 – Devam · 1 yıl 4 ay · Ankara

    Bilimsel Araştırmacı

    Ankara Üniversitesi
    Yarı zamanlı
  • Ağu 2023 – Devam · 2 yıl 9 ay · Uzaktan

    Biyoinformatik Boru Hatları & Veri Görselleştirme Çalışma Grubu Eş-Başkanı

    Public Health Alliance for Genomic Epidemiology (PHA4GE)
    Yarı zamanlı · Uzaktan

    PHA4GE, küresel ölçekte esnek ve sürdürülebilir biyoinformatik kapasitesi oluşturmak için çalışan bir koalisyondur. NGS tabanlı patogen surveillansı için boru hatları ve veri görselleştirme standartları geliştirilmesi.

  • Ara 2021 – Ara 2024 · 3 yıl 1 ay · Ankara

    Biyoinformatik Uzmanı

    Dünya Sağlık Örgütü (WHO) Türkiye
    Tam zamanlı · Yerinde

    Yeni nesil dizileme (NGS) ve biyoinformatik; veri bağlantı sistemleri güçlendirme; aylık seminer serisi koordinasyonu; biyoinformatik eğitimleri; Olay Yönetim Ekibi Lab & Sürveyans Pilonu (EQ Müdahalesi).

  • Ağu 2017 – Ara 2021 · 4 yıl 5 ay · Ankara

    Bölge Müdürü

    Bioeksen Ar-Ge Teknolojileri Ltd.
    Tam zamanlı · Yerinde
  • Ara 2016 – May 2017 · 6 ay · Ankara

    Araştırmacı

    TÜBİTAK
    Tam zamanlı · Yerinde

    Kanatlı hayvanlar ve gıdalardan Salmonella serotiplendirmesi; ulusal kontrol ve eradikasyon programı geliştirme projesi.

  • Mar 2014 – Ağu 2014 · 6 ay · Bursa

    Laboratuvar Asistanı

    Synevo Türkiye
  • Ağu 2014 – Eyl 2014 · 2 ay · Hannover, Almanya

    Stajyer (IAESTE)

    Stiftung Tierärztliche Hochschule Hannover
    IAESTE Staj Programı
  • Eyl 2013 – Ağu 2015 · 2 yıl · İznik, Bursa

    Yarı Zamanlı Stajyer — Patoloji Anabilim Dalı

    Ankara Üniversitesi
  • Mar 2026 – Present · Belgium / Remote

    Member

    COST Association — European Cooperation in Science and Technology
    Full-time · Remote

    Contributing to pan-European food safety and genomic epidemiology research within the Mic2Food COST Action.

  • Apr 2026 · 1 mo · Copenhagen, Denmark

    Visiting Researcher

    DTU — Technical University of Denmark, National Food Institute
    ESCMID Observership Programme

    Genomic surveillance for food-borne pathogens (Salmonella, E. coli STEC); AMR comparative genomics; HPC-based bacterial/plasmid/phage genomic cluster analyses for reproducible bioinformatics.

  • Jul 2025 – Present · 10 mos · Ankara

    National Professional Officer — Laboratories

    World Health Organization (WHO) Turkey
    Full-time · On-site
  • Jan 2025 – Present · 1 yr 4 mos · Ankara

    Scientific Researcher

    Ankara University
    Part-time
  • Aug 2023 – Present · 2 yrs 9 mos · Remote

    Bioinformatics Pipelines & Data Visualization Working Group Co-Chair

    Public Health Alliance for Genomic Epidemiology (PHA4GE)
    Part-time · Remote

    PHA4GE is a global coalition working to establish flexible, sustainable bioinformatics capacity worldwide. Leading the development of pipeline and data visualisation standards for NGS-based pathogen surveillance.

  • Dec 2021 – Dec 2024 · 3 yrs 1 mo · Ankara

    Bioinformatics Specialist

    World Health Organization (WHO) Turkey
    Full-time · On-site

    Next-generation sequencing (NGS) and bioinformatics; data linkage system strengthening; coordination of monthly seminar series; bioinformatics adult training; Incident Management Team — Lab & Surveillance Pillar (EQ Response).

  • Aug 2017 – Dec 2021 · 4 yrs 5 mos · Ankara

    Regional Director

    Bioeksen R&D Technologies Ltd.
    Full-time · On-site
  • Dec 2016 – May 2017 · 6 mos · Ankara

    Researcher

    TUBITAK
    Full-time · On-site

    Salmonella serotyping from poultry and food samples; development of national control and eradication programs.

  • Mar 2014 – Aug 2014 · 6 mos · Bursa

    Laboratory Assistant

    Synevo Türkiye
  • Aug 2014 – Sep 2014 · 2 mos · Hannover, Germany

    Intern (IAESTE)

    Stiftung Tierärztliche Hochschule Hannover
    IAESTE Internship Programme
  • Sep 2013 – Aug 2015 · 2 yrs · İznik, Bursa

    Part-time Intern — Department of Pathology

    Ankara University

EğitimEducation

YılDereceKurum
2019 – 2025Doktora — MikrobiyolojiAnkara Üniversitesi, Veteriner Fakültesi
2016 – 2019Yüksek Lisans — MikrobiyolojiAnkara Üniversitesi, Veteriner Fakültesi
2010 – 2016Lisans — Veteriner Hekimliği (DVM)Ankara Üniversitesi, Veteriner Fakültesi
YearDegreeInstitution
2019 – 2025PhD — MicrobiologyAnkara University, Faculty of Veterinary Medicine
2016 – 2019MSc — MicrobiologyAnkara University, Faculty of Veterinary Medicine
2010 – 2016BSc — Veterinary Medicine (DVM)Ankara University, Faculty of Veterinary Medicine